Crear una S.L. Y trabajar por cuenta ajena

La obligatoriedad de los socios de darse de alta en régimen autónomo de Seguridad Social viene determinada por la forma de obtención de rendimientos de la propia Sociedad. Es decir, si los rendimientos obtenidos por los socios son de carácter de habitual/regular, como si de una nomina se tratara, los socios vienen obligados a darse de alta como Autónomos en Seguridad Social.
Digámoslo de otra manera, todos los receptores de rendimientos regulares pagados por una Sociedad mercantil capitalista, y como condición necesaria para su consideración como gasto deducibles en Imp.Sociedades), deben de estar dados de alta en Seguridad Social: en caso de trabajo por cuenta ajena la empresa contratante esta obligada a incluir al trabajador en Seg. Soc. Régimen General, y en caso de que sean los propios socios quienes obtengan esos rendimientos regulares de la propia sociedad, es el socio el obligado a cotizar Seg. Soc. Pero en régimen Autónomo (salvo que posea menos de 1/3 del capital, no se ejerza control de sociedad y no se sobrepase el 50% capital contando el cónyuge e hijos, único caso que se admite Seg. Soc. General al socio trabajador).
Por tanto, la respuesta primera es no, no es necesario que esteia ambos dos en Autónomos.
Tu ya estas en Régimen General, la empresa en la que trabajas por cuenta ajena tiene la obligación de gestionar tu alta/pagos en Seg. Soc. Si por otro lado, tu recibes otros rendimientos, como podrían ser ingresos regulares de tu propia SL, estas obligado a cotizar también en Régimen Autónomo.
Por tanto, segunda respuesta, sí, puedes estar simultáneamente en Regímenes, General y Autónomo, hay muchos así, minoría pero muchos, totalmente legal.
El régimen Autónomo se lo gestiona el propio titular, muy sencillo, un formulario, elección de la cotización (todo el mundo elige la cuota minima=250eur/mes), das tu numero de cuenta bancaria para que te carguen las cuotas mensuales, y listo.
En Hacienda, la Sociedad tributaria sus rendimientos por estimación directa en Imp. Sociedades, es decir, ingresos menos gastos imputables, como toda Sociedad Mercantil, con cuota del 25% sobre los primeros 120.000 euros de beneficios si se facturan <8mio.eur/año.
Como personas físicas, tu mujer y tu iríais por IRPF por los ingresos obtenidos de la Sociedad, bien en forma de rendimientos regulares o de distribución de beneficios, estando obligada la Sociedad claro esta a cumplir con la norma de retención IRPF en cualquiera de las formas mencionadas.
Ya me dirás si te he respondido.