Baja por enfermedad y despido por finalización de obra

Eefctivamente tienes razón. Si la Empresa finaliza tu contrato porque haya acabado la obra para la que fuiste contratada te correspondería una indemnización de 8 días. Por estar de baja no se convierte para nada en un despido improcedente. SOlo sería así si tu fueras capaz de demostrar que te han finalizado la obra y que tienes constancia de que la obra para la que fuiste contratada sigue en marcha y han contratado a otra persona apra hacer el mismo trabajo que tu hacías. En ese caso SI podrías denunciar esa finalización de contrato y denunciar a la Empresa por despido improcedente en cuyo caso, en caso de ganarlo, te correspondería una indemnización de 45 días de salario por año trabajado.
A partir del 21 día de baja el coste tuyo le corresponde a la seguridad Social aunque en la práctica es la Empresa la que te sigue pagando y luego ellos se lo descuentan e los Seguros Sociales (es lo que se llama pago delegado). Si tu empresa te finalizara el cotnrato y tu siguieras en situación de baja médica en ese momento si te seguiría pagando directamente la Seguridad Social