Cuota autónomo

Hola, soy autónoma, porque soy administradora de una sociedad limitada, y como no hay mucho trabajo había pensado en buscarme otro empleo por cuenta ajena, aunque no puedo darme de baja del autónomo por tema de subvenciones recibidas. Pero mi duda es si alguna empresa le puede interesar que me contrate siendo yo autónoma, pues ya que tengo que pagar por régimen de autónomos pues que me contrate así, en este caso, si la empresa dentro del sueldo pactado me tendría que pagar también lo correspondiente a la cuota de autónomo, pues si estuviese contratada por régimen general tendría unos gastos de los seguros sociales, o bien eso es aparte y yo tendría que hacerme cargo de esa cuota.
Gracias