Pues efectivamente las opciones de obtener la rentabilidad de esa empresa son las que has establecido con el matiz de que como salario puedes hacerlo bien como empleado aunque laboralmente no sea así dado que no serías por cuenta ajena, pero vamos que no hay problema en declararlo frente hacienda aasí o como administrador de la compañía que realmente es lo que está diciendo hacienda en todos los lados. Para ello has de cambiar los estatutos y dejar la puerta abierta a que sea remunerado si así lo decide la junta de accionistas.
En ese caso cada año te pones un sueldo como administrador según vayan yendo las cosas. La gran diferencia entre esa opción de empleado y la de administrador es que una tiene una retención en función de la escala y la de administrador va a un tipo fijo del 42%, si bien al final en tu IRPF vas a pagar lo mismo es una simple diferencia de financiación a la aeat.
Este tema lleva unos años dando mucha lío con hacienda y yo creo que ellos son de la opinión de que en tu caso no cabe otra cosa que cobrar como administrador y además que eso conste claramente en los estatutos sino no hay gasto para la compañía.
El tema de ser autónomo pues es otra opción y al margen de posibilidad de deducción de algún gasto adicional (no muchos) la retención es más baja (como mucho el 21%) aunque a hacienda también le parece que es un montaje aunque repito que al final cualquiera de las opciones es válida, vas a pagar lo mismo en IRPF pero la diferencia es la retención que se te aplica en el momento del cobro.
Yo creo que lo lógico es cobrar como administrador si es que no haces realmente un trabajo mas allá de ese cargo, en caso de que digamos que tienes una función propia de un personal técnico de la empresa, me pondría al margen del sueldo de administrador un sueldo como empleado o como profesional en función del tipo de actividad que sea (por ejemplo si eres médico como autonomo y si eres diseñador de una fabrica de ropa como empleado).
Creo que es un tema muy discutible y como te digo está en pleno debate, de hecho en la página de la aeat podrás encontrar informes de la DGT al respecto en los que se hacen unos líos morrocotudos para al final dejar a todo el mundo con la duda de como se debe actuar.