Debes repercutir el iva en tus facturas siempre. La devolución de ese iva al viajero, tiene su propio cauce.
La normativa del IVA establece que los viajeros con residencia fuera de la Unión Europea – que se puede acreditar mediante pasaporte, documento de identidad o cualquier otro medio de prueba admitido en derecho – tienen derecho a la devolución del Impuesto soportado en las compras realizadas en nuestro país que superen un importe global de 90,15 euros y que salgan, efectivamente, de la UE en el plazo de los tres meses siguientes a aquél en que se haya efectuado la venta. Los bienes transportados deben adquirirse para el uso personal o familiar del viajero, o para regalo, y por su naturaleza y cantidad no puede presumirse que se destinarán a una actividad comercial.
Aquí te dejo un enlace donde te lo explican todo.
https://eusebioalarcon.wordpress.com/2013/07/04/aumenta-tus-ventas-devolviendo-iva-a-viajeros/
Salvo que tengas concedido por Hacienda una exención de iva, no puedes facturar sin iva, porque si