Plusvalía es un concepto inexistente en la normativa fiscal aunque muy empleado en el lenguaje coloquial suele referirse a:
a) Ganancia patrimonial en IRPF que es la diferencia entre el precio de venta y el de adquisición, si no puede acogerse a la reinversión en nueva vivienda habitual..
b) IIVTU (Plus valía municipal) se paga siempre que se produce una enajenación de un inmueble y su importe lo determina el Ayuntamiento a través de la Ordenanza de este Impuesto.
Supongo que vd se refiere al concepto a) en cuyo caso entiendo que esa ganancia/pérdida patrimonial tendrá dos modos de cálculo: Por un lado la producida desde que vd adquiere la nuda propiedad -1987- hasta que enajena la plena propiedad de la vivienda -2016-. Por otro desde que se extingue el usufructo-2003- hasta la fecha de enajenación antedicha.
El cálculo del porcentaje que corresponde a usufructo y a nuda propiedad está en función de la edad de la usufuructuaria al constituirse ese derecho real, y propbablemente lo pueda ver en la liquidación del ITP de esa constitución.