Como proceder con una herencia que conlleva usufructo

En el Pais Vasco el plazo para presentar el impuesto de sucesiones es de 12 meses en lugar de 6. Mi padre falleció en octubre 2017 y ya se ha presentado ya una liquidación "provisional" pero tenemos una preocupación respecto al tema. La viuda de mi padre, que no es nuestra madre, nos dijo que de momento y siendo ella usufructuaria, no hacía falta escriturar los cambios, bastaba con pagar el impuesto de sucesiones en el plazo, porque la notaría nos podía costar sino unos 6.000€ por cambiar titularidad etc, y que ella lo dejaba en manos de una gestoría/abogada. 

Aunque estuvieron juntos años, solo se casaron 11 meses antes de morir mi padre, y en el testamento, aparte de darle el usufructo de la vivienda a la viuda, indica que sus tres hijos heredan a partes iguales sus bienes.

Hemos visto en el impuesto de sucesiones que ha presentado la viuda, que ha indicado que el 50% de la casa correspondiente a mi padre, tendría un valor de 200.000€, y este valor lo ha dividido por 4! 50.000€ ella, 50.000€ la hija que tuvo en común con mi padre, 50.000€ yo y 50.000€ mi hermano. Aparte, nos propone quedarse ella con el dinero de las cuentas y 2 acciones de bastante valor, y que los 3 hijos nos repartamos otras acciones de un valor de 11.000€ en total entre los 3.

Había 3 seguros de vida etc por valor de 35.000€, que me ha dado el banco cuando recientemente he pedido el certificado de posiciones a la fecha de muerte de mi padre, y estos ya los ha cobrado ella, porque a pesar de que nos habían dicho que estaban a nombre de herederos legales, en el papel muestra Cónyuge como beneficiario en cada uno de ellos.

Con lo cual, tenemos la impresión de que no se está respetando el testamento, aunque con el tema seguros ya no hay nada que hacer (ella tuvo poderes los últimos meses antes de fallecer mi padre así que pudo manejar sus cuentas, cambiar cosas etc), ¿sería mejor escriturar con un notario el cambio de propietarios en la casa, aunque ella tenga el usufructo hasta su muerte? ¿Es normal que aparezca ella percibiendo 50.000€ del valor de la parte de la casa de mi padre? Pensamos que igual como usufructuaria de esa parte estaba obligada a declarar algo en la liquidación de impuesto, pero el hecho de que se valore el 50% de la propiedad en 200.000€, y que ella represente 50.000€ de esa parte, nos hace pensar que esta considerándose heredera de una parte más, además de usufructuaria.

Cuando hemos dicho que mejor hacer las cosas a través de una notaría, se niega, diciendo que va a costar más de 6000€ un notario, y que no es necesario hasta que ella muera o se quiera vender la casa, y nos amenaza con que tendremos que pagar gastos de la casa si cambiamos ya las escrituras, aunque ella sea usufructuaria.

Como las acciones y demás cosas de mi padre (no es mucho, quedarán unos 20.000€ máximo en activos aparte del 50% de su propiedad) las tenía antes del matrimonio, suponemos que si hacemos la notaria, igual salimos mejor parados, por un lado las cosas estarán ya legalmente hechas y claras (la propiedad también a nuestro nombre en los porcentajes que corresponden), y por otro igual se respeta el testamento que dejó mi padre, ¿y se reparte lo poco que hay solo entre los 3 hermanos y con eso cubrimos los gastos de la notaría etc? Es que nos ha enviado una partición de herencia para firmar, en la cual se queda con los 10.000€ que había en cuenta a fecha de la muerte de mi padre, además de 2 acciones que parece tienen mayor valor ( porque sabemos de una que figura como 190€ pero se trata de una acción a un club deportivo que las vende por 2000€, así que nos figuramos que igual la otra, que se supone solo vale 500€, ¿igual también realmente vale bastante más?). Si que sabemos que el 50% del dinero que se hallaba en la cuenta de mi padre a fecha de su muerte le corresponde a quien era su esposa, pero creo que las demás cosas no al estar allí antes del matrimonio. Además, una vez al mes se le hacía una transferencia a la viuda de 1500€ a su propia cuenta, ¿entonces otra duda es si también el dinero de la cuenta de la viuda se supone que pertenece al 50% a mi padre?

Respecto a la excusa de que hacer notaría ya y cambiar escrituras de casa supondrá 6000€ que nos podemos ahorar, por otro lado nos han dicho que el impuesto de sucesiones está prácticamente exento, que los usufructuarios solo tienen que participar en gastos de obras mayores de la propiedad y no con IBI, gastos comunidad etc como dice ella, y que además, el pago de la plusvalía al escriturar en caso de herencia de familiar directo, ¿está minorado a un 15% de la plusvalía habitual?

Bueno, la principal pregunta es si nos aconseja la notaría, y si tenemos razón al considerar que el 50% de la casa, la parte de mi padre, solo corresponde a los 3 hijos al 33%, y que el hecho de que haya presentado un impuesto de sucesiones figurando ella al 25% del valor de la parte de mi padre, ¿indica qué hay intención de no respetar el testamento? Intenté preguntar en la agencia tributaria y no me quisieron atender (cuando fui a hacer la declaración de la renta) y estuvimos a punto de coger un abogado, pero es muy poco dinero, y nos han dicho que un notario por si mismo puede mirarlo y organizarlo todo, y que al ser herederos legales nosotros, no necesitamos la aprobación de la viuda, ¿para ejectutar la herencia?