Porque no se van del todo mis pensamientos?

El objetivo con respecto a los pensamientos intrusivos y recurrentes debe ser la aceptación de los mismos para luego desligarnos de ellos. No podemos intentar erradicarlos, pues son incontrolables. Hay que dejarlos estar, pero sabiendo que la importancia que les demos es lo que realmente importa y de lo que depende la influencia que tenga en nosotros. En su día se instauraron en nuestra psique debido a experiencias no gestionadas de forma adecuada. No estan en una parte consciente del cerebro, por eso no los controlamos.

Paralelamente hay que trabajar reviviendo en terapia las experiencias pasadas no asimiladas, siempre en un contexto seguro y diferente al de la vida cotidiana. Ánimo.

Alberto Manuel Belmonte - Psicólogo Clínico

Los procesos de duelo son muy duros, y diferentes para cada persona, es bueno que esos pensamientos se disipen cada vez más eso es señal de sanación. Por otro lado tu tienes el poder de controlar tu pensamiento. Si sentías deseo de hacer daño a alguien porque te lo habían hecho a ti, ten en cuenta que existe algo mucho más grande por encima de nuestros deseos, que todo lo equilibra, llámale Dios, universo, energía, etc. La cuestión es que existe, cuando vengan esos deseos confía y deja la justicia en sus manos. Todos hemos venido a hacer un aprendizaje diferente, con diferentes pruebas.

Trata de calmarte hasta que pase el duelo, que es diferente para todos, a algunos, no le afecta casi nada la perdida de un ser querido, a otros, un poco, a otros, muchísimo, al punto de que he visto, shock post traumático, de personas que estuvieron meses, hasta recuperarse, no hacían nada malo, algunas, hablaban y hablaban, otras, recordaban y lloraban a solas, otras, escribían, miraban fotos, etc (la lista es larga) en algunos casos, el recuerdo, si se quiso mucho, dura para toda la vida, pero se tiene que aprender a vivir con el, como diría M.T.Cicerón "la vida de los muertos permanece en la memoria de los vivos", hay pensamientos molestos, y supongo les pasa a mucha gente, si no a todos, hay métodos por ahí, libros, etc para superar esas cosas, lógicamente cuando estas ocupada, puede que estén "apartados", pero hay pensamientos, aun de chico, de muy chico, que se pueden recordar, siempre, en la memoria queda todo o casi, hay métodos como te dije, deberías buscar, según tu creencia, tu manera de ser, tu personalidad, si tienes algún culto religioso o no, los métodos no son todos iguales.

Dices, "cuando recuerdo que ya no han venido comienzan de nuevo". En el plano conductual está recomendado lo que denominan parada del pensamiento, sencillamente dejar de pensar en el asunto (también como dices, cuando estás ocupando tu mente ni siquiera las recuerdas), ni siquiera para despedirte de esas ideas, ni para pensar que no las has tenido, etc. Es decir, nada al respecto de ellas. Si te surgiesen, abandonas el tema sin más explicaciones, y atiendes a otra cosa; por ejemplo al bien que puedes hacer.
Piensa que esas ideas pertenecen más bien a lo involuntario, al menos en su momento inicial; y lo que te recomiendo es trabajar lo voluntario, lo que sí depende de ti, como no vivir para ti misma, y pensar en hacer el bien, por supuesto que con la gracia de Dios, y poniendo los medios como la frecuencia de los Sacramentos y la oración.