Me imagino que con un contrato de alquiler no podría ir frecuentemente (no sé si alguna vez con un aviso previo, y no sé si es posible incluso sin aviso); pero, claro, no creo que le puedas proponer a tu padre un contrato de alquiler en el que todo sean ventajas para ti, y ninguna para él, además de la posibilidad de que él asuma responsabilidades que pueda desconocer, etc.
Los gastos por las reformas ya los estáis pagando; quizá a tu padre tampoco le interesaban; y sin duda si os dejó vivir en la casa fue porque eres su hija, y porque te quiere. Claro habría que pensar cuánto cuesta esa incomodidad que dices (por poner este ejemplo), porque a lo mejor si solo cuesta 50 euros al mes, no parecería que se tratase de una incomodidad muy grande (eso si se puede pagar); me imagino que para que le interesase a tu padre, tendría que tener al menos una cantidad que le supusiese algo (por poner un ejemplo, y sería barato claro, de 250 a 400 euros).
Pero yo lo que te recomendaría es no iniciar esto, al menos por el momento, y tratar de aceptar las visitas de tu padre de buen grado (claro él os ofreció la casa; piensa que es más que justo que él pueda entrar para ver la finca, y también para veros a vosotros); piensa que las cosas pasan, las situaciones cambian; y quizá tu padre mañana ya no tenga el mismo interés en visitar la finca; y pasado mañana quizá ya no pueda. Es justo que aceptéis sus visitas del mejor grado; claro, hay una tendencia del ser humano a querer más cada vez, si no se modera (vuestra privacidad no puede ser a costa de sus derechos).
Otra cuestión, la fundamental de lo que te escribo ahora, es que no creas que el matrimonio cree necesariamente con las comodidades, etc., sino que es el amor es que va a servir de mayor sustento. Y claro que el amor exige esfuerzo, y ser justo, y no dejarse llevar por lo más cómodo o apetecible, etc. Y si tu padre comete alguna incorrección pensar en su bien; no juzgarlo; piensa que él también puede sufrir por la falta de acogida, etc.