IVA certificaciones de obra con pagos a cuenta

En tu caso, el IVA se devengará cuando se produzca cada pago. Si no te he entendido mal, cada certificación no se paga de una sola vez sino en pagos sucesivos. Si es así, tendrás que calcular la parte de IVA proporcional a cada pago.
De todas formas, una observación. Vengo observando en este foro que la inmensa mayoría de las empresas inmobiliarias consideran que el IVA se devenga en el momento del pago. Así lo dice la Ley del IVA. Correcto. Muy pocas saben (no he visto ninguna respuesta hasta la fecha) que si se justifica ante Hacienda que en cada certificación lo que se está haciendo es poner "lo construido" a disposición del promotor, es decir, si se justifica que con cada certificación lo que el constructor hace es transmitir la propiedad de lo construido al promotor, el IVA puede deducirse en la fecha de emisión de la certificación. Para ello, es necesario que el contrato promotor-constructor esté bien redactado y que no se emitan certificaciones, sino facturas. Esto último es fundamental. Hace ya muchos años que a nuestra empresa (que actuaba de esta forma) Hacienda le levantó un acta por deducirse el IVA de forma improcedente y finalmente se ganó. Consúltalo con un asesor fiscal (un buen asesor, eso sí, no con una gestoría).