En verdad se echa de menos un manual para solucionar "marrones", pero es que eso es complicado, casi que cualquier manual contable es la solución: ¡Todo lo que no esté es que no se puede hacer!
Analicemos tu problema, empezando por mi conclusión: es que no creo que sea un error. Es una de las triquiñuelas típicas para eludir pagar impuesto de sociedades, considerar gasto corriente pequeñas inversiones (lo que comentas lo son) que es muy posible que a la Agencia Tributaria le pasen desapercibidas, consideras esas adquisiciones 100% gasto, con lo que disminuyes el beneficio del ejercicio. En un momento determinado incluso se puede argumentar que las compras fueron para sustituir elementos anteriores existentes que estaban ya muy deteriorados. No cuela, pero se hace.
Dicho lo cual, ahora voy a considerar que fuera un error y cómo solucionar el problema. Lo tienes complicado, amigo mío. Deberías modificar la contabilidad del 2010. Hacer un Impuesto de Sociedades complementario y presentar la liquidación conforme a lo que debería ser, y lo mismo en el 2011. Las normas contables permiten que modifiques la contabilidad contra resultados de ejercicios anteriores, para evitar tener que volver a presentar libros y demás, pero eso lo que te variará será el capítulo uno (fondos propios) en tu caso para aumentarlos.
Al hacer todo esto, las contra-liquidaciones de los impuestos de sociedades del 2010 y 2011 salen a favor de Hacienda, por lo que recibirán una sanción y un recargo, y tocará pagar.
Ahora bien, ¿vale la pena? Es una cuestión que se puede cuantificar exactamente. Es cuestión de valorar qué factura le debes a Hacienda por las declaraciones "erróneas" del 2010 y 2011, y a partir de ahí calcular la sanción y el recargo (sanción y recargo que siempre serán inferiores a las que se os calcularán si es Hacienda quien lo detecta). Pero mira, el 2010 caduca en julio del 2015, y en cuanto prescriba, ya no hay problema.
Mi consejo es que hagas lo que hagas y decidas lo que decidas, que sea con conocimiento expreso y claro de la Gerencia o la Administración de la sociedad, para que acontecimientos posteriores no te dejen a ti con el culo al aire.
Espero haber sido claro con tus dudas. Quedo a tu disposición, en cualquier caso.
Por cierto, ¿y si editamos este conjunto de preguntas/respuestas como manual de marrones?