Paso a autónomo

Hola, a ver si alguien me puede ayudar.
Mi jefe se ha hecho funcionario del estado y por incompatibilidad tiene que dejar la administración de la empresa y me ha propuesto hacerme administrador de la empresa pero solo a efectos de cara a hacienda y trabajo, mi responsabilidad dentro de la empresa va a ser igual que hasta ahora y el va a seguir compaginando la administración de la empresa y el ser funcionario, me ha dicho que para hacer esto me tengo que hacer autónomo (la empresa se hace cargo de todos estos gastos y yo continuare con mi mismo sueldo).
Mi pregunta es ¿al hacerme autónomo pierdo todos mis derechos de paro generados anteriormente? ¿Si dejo de ser autónomo podre recuperar mi paro anterior?
La cuestión es que tengo 2 años de paro y si los pierdo por hacerme autónomo pues esta propuesta no me interesa.
Un saludo y gracias.