La baja por incapacidad temporal es una de las causas de suspensión del contrato de trabajo, generando derecho al percibo de la prestación prevista para esta contingencia, que se corresponde con el porcentaje que comentas. Durante el período de la baja, se incluye en la base reguladora la parte proporcional de la paga extra (art. 109 de la Ley de la Seguridad Social). En principio no habría derecho al cobro de la parte proporcional de las mismas salvo que lo diga el convenio colectivo expresamente.
Si el convenio colectivo de aplicación estipula que el periodo de incapacidad temporal se considera como tiempo de trabajo efectivo, entonces el trabajador tiene derecho a percibir la paga extra íntegra, aunque durante el tiempo que esté de baja ya perciba una parte en la prestación que le abona la Seguridad Social.
De no ser así, la empresa podría descontar la parte proporcional de la paga extraordinaria por los días que haya estado en incapacidad temporal.
Por lo tanto si en el convenio colectivo aplicable a tu relación laboral no dispone nada al respecto, la empresa estaría aplicando correctamente la doctrina del Tribunal Supremo al pagarte la parte proporcional de la paga extraordinaria por los días que has trabajado y descontarla por los días que has estado de baja.